Helena Fernandes iniciou a sua carreira em um episódio de Você Decide, da Globo, em 1995. Em 1996, fez a novela Quem é Você?, de Ivani Ribeiro e Lauro César Muniz, com direção de Herval Rossano. No ano seguinte, viveu a vilã Silvana Karloff na novela infantil Caça Talentos. Em 1998, foi a Letícia na minissérie do Gilberto Braga Labirinto. Em seguida, o autor a convidou para Força de Um Desejo, de 1999.
Em 2001, na Record, interpretou sua primeira protagonista na novela Roda de Fogo.
Voltou à Globo e participou dos cinco capítulos da minissérie O Quinto dos Infernos, em 2002. Depois de tornar-se mãe, ainda durante a licença maternidade foi convidada pelo SBT para viver sua segunda protagonista, na novela Canaviais de Paixões. Em seguida, retornou à Globo onde participou dos humorísticos Sob Nova Direção e A Diarista – nesta última, defendendo o papel de Ipanema durante os três anos em que o programa esteve no ar. Em 2008, foi a Márcia Brito da novela Beleza Pura. Em 2009 participou novamente do elenco de Malhação, novela que já tinha feito em 2007.
Depois ela seguiu fazendo alguns trabalhos na TVGlobo, como Insensato Coração, Guerra dos Sexos e etc.
Depois de 12 anos na Rede Globo, a atriz decide assinar contrato com a RecordTV para interpretar a antagonista principal de Belaventura, de 2017.
No cinema, participou dos filmes Se Eu Fosse Você e À Deriva, participou da dublagem do filme Os Incríveis, e foi especialmente convidada pela Delart para dublar a versão de Alice no País da Maravilhas produzida por Tim Burton.